O CLUBE DESPORTIVO DE MAFRA foi fundado a 24 de Maio de 1965, embora os primeiros estatutos tenham sido apenas aprovados a 19 de outubro do mesmo ano. Nessa altura, e apesar do concelho de Mafra ter alguns clubes pelas suas freguesias, a sede de concelho não tinha qualquer representante. Anteriormente, já existira o Clube Desportivo de Mafra, fundado em 1940 com o mesmo emblema do atual, mas que acabou por desaparecer sendo então refundado em 1965.
A HISTÓRIA DA FUNDAÇÃO
Um ano antes, em 1964, surgiu a ideia de "colmatar" a lacuna, numa conversa entre dois dos fundadores do emblema mafrense - o Sr. Artur Vicente da Silva e o Sr. Manuel Joaquim Alves Lopes Coelho.
Quando se constituiu a Comissão Organizadora, e porque tudo tinha de recomeçar do zero, as reuniões eram feitas em casa de um dos aderentes, situada na Rua Moreira, até que vagou a casa onde hoje é a sede, na altura Estação dos Correios.
O desejo de todos era grande e até Maio de 1965 o trabalho foi grande e rápido, na angariação de sócios (cota mensal mínima de 5$00).
De entre os muitos que ajudaram constam como Comissão Organizadora, devidamente assinados, nos ditos estatutos, Dr. Mário Duarte Costa da Silveira (1.º Presidente da Direcção), Padre António Pedro Pinto, Domingos Ferreira, Alexandre Alberto da Fonseca, Carlos de Jesus Silva, Artur Vicente da Silva, José Ferreira Dias e Armando Pinhão Alegria.
As origens do atual campo de futebol remontam a 1967, ano em que o clube alugou um terreno onde atualmente se situa o Estádio Dr. Mário Silveira (nome do primeiro Presidente da Direção do clube).
Em 1970/71, conquistou o primeiro título oficial, a 3ª Divisão da Associação de Futebol de Lisboa (AFL), ganhando em 1975/76 a 2ª Divisão da AFL.
CRESCIMENTO NOS ANOS 90
A primeira participação nos campeonatos nacionais ocorreu na época de 1992/93, depois de vários anos e alguns títulos no futebol distrital da AFL. Em 1994/95, subiu pela primeira vez à 2ª Divisão Nacional.
O primeiro grande título surgiu em 2001/02, com a conquista da 3ª Divisão Nacional,
ESTABILIZAÇÃO NO SÉCULO XXI
Entre 2002/03 e 2014/15 o CD Mafra consolidou-se no terceiro escalão do futebol português (II Divisão e, depois, Campeonato Nacional de Seniores/CNS). Neste período, apenas por uma vez lutou para não descer, conseguindo de maneira geral prestações sólidas, disputando em algumas ocasiões a subida à Segunda Liga.
Um dos marcos da história do clube até agora foi o jogo contra o Sporting CP para a Taça de Portugal 2009/10, no Estádio Alvalade XXI. A equipa de Mafra perdeu por 4-3, deixando, com os três golos marcados (todos por Zhang), excelente impressão de si.
TÍTULOS NACIONAIS E CAMPEONATOS PROFISSIONAIS
23 de Junho de 2002, ficou marcado na história do CD Mafra, pela vitória frente aos Dragões Sandinenses, culminando uma época de glória com o título de Campeão Nacional da III Divisão.
No dia 24 de Maio de 2015, em plena comemoração do 50º aniversário, o CD Mafra atingiu a subida à 2ª Liga, e a primeira ascensão aos campeonatos profissionais. Dias depois, a 10 de Junho na Marinha Grande, o CD Mafra conquistou o CNS, ao derrotar o FC Famalicão. Em 2015/16, estreou-se na Segunda Liga, a 8 de Agosto de 2015.
2018 marca o regresso à Segunda Liga, após nova consagração como Campeão Nacional Sénior, em jogo disputado a 10 de Junho no Jamor, frente ao S.C.Farense.
SECÇÃO DE ANDEBOL: DUAS DÉCADAS DE CONSOLIDAÇÃO NA MODALIDADE
A presença da equipa sénior masculina na II Divisão Nacional, nas épocas 2018/19 e 2019/2020, é o corolário de um crescimento sustentado da modalidade, recheado com várias distinções e subidas de divisão nos escalões de formação.